(C)2018 TOHO CO., LTD.21世紀初頭、人類はゴジラに蹂躙された地球に多くの人命を残し、選ばれし者達だけで恒星間移民船・アラトラム号に乗って移住可能な「約束の地＝タウ星e」を目指した。

しかし計画は失敗し、人類は再び地球へと舞い戻ることになってしまう。

そして、長距離亜空間航行によって生じた時空の歪みは、人類が戻るべき場所を「二万年後の地球」に変えてしまっていた。

その地球で主人公・ハルオたちはゴジラの攻撃を受けながら、20年間考え続けた「対ゴジラ戦術」をエクシフとビルサルド、2種族の異星人と共に実行し、決死の戦闘でゴジラを倒すことに成功する。

しかし、喜びも束の間、地中深くから真のゴジラが姿を現す。

二万年もの間成長を続け生き永らえ、体高300メートル、質量10万トンを超える姿へと進化した超巨大ゴジラの圧倒的な破壊力を前に、ハルオたちは散り散りになってしまう。

そしてハルオを救ったのは、人類の生き残りと目される「フツア」の民、ミアナだった。

フツアはこの地球で初めて出会った人型の生命種族である。

彼らは人類の子孫なのか———。

「フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。

挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える」という彼らにハルオは、「これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ」と語り返す。

一方、ビルサルドの指揮官・ガルグは、フツアの持つ矢じりが“自律思考金属体＝ナノメタル”でできている事に気がつき歓喜する。

それは、21世紀に彼らが富士山麓で「対ゴジラ決戦兵器」として開発するも、起動寸前で破壊されたを構成するものと同じ物質であり、その開発プラントが今もなお、残っている証だった———。

第二章『決戦機動増殖都市』では、体高300メートルを超える歴代最大のゴジラを倒すためにシリーズ不動の人気を誇るが新たな姿で現れる。

人類最後の希望が、起動する。